Kirjastojärjestelmäpalvelu koordinoi kirjastojärjestelmän ja sen palvelinympäristön hankintaa ja käyttöä kirjastojen järjestelmäkonsortioiden puolesta. Tämän hetkisiin Linnea2- ja AMKIT-konsortioihin kuuluvat yliopistokirjastot, OKM:n alaiset ammattikorkeakoulukirjastot, Eduskunnan kirjasto, Varastokirjasto ja Tilastokirjasto.
Palveluun kuuluu yhteydenpito järjestelmän ja palvelinympäristön toimittajiin sekä kirjastojen tukeminen järjestelmnän käytössä. Työtä tehdään kirjastojärjestelmäkonsortioiden ohjauksessa ja kirjastojen asiantuntijoista muodostettujen työryhmien tukemana. Järjestelmän käyttöä kehitetään osana kirjastojen palvelukokonaisuutta.
Kirjastojärjestelmäpalvelussa Kansalliskirjasto koordinoi yhteisen kirjastojärjestelmän sekä sen palvelinympäristön hankintaa ja käyttöä. Asiakkaina ovat tällä hetkellä yliopisto-, ammattikorkeakoulu- ja eräät erikoiskirjastot, jotka ovat keskenään muodostaneet kustannusten jakoa ja yhteisen järjestelmän hallinnointia varten kaksi konsortiota. Yliopistokirjastojen, Kansalliskirjaston ja suurimpien erikoiskirjastojen muodostama kirjastojärjestelmäkonsortio on nimeltään Linnea2. Opetusministeriön alaiset ammattikorkeakoulut ovat järjestäytyneet AMKIT-kirjastoyhteistyökonsortioon. Kirjastojärjestelmäpalvelun nykyinen Ex Libriksen toimittama Voyager-kirjastojärjestelmä on ollut Linnea2-konsortiossa käytössä vuodesta 2001. AMKIT-konsortion kirjastot ovat siirtyneet sen käyttäjiksi aseteittain 2001 - 2004.
Kansalliskirjasto hoitaa yhteydenpidon järjestelmäntoimittajaan konsortioden puolesta molemmin puolin nimettyjen yhteyshenkilöitten sekä järjestelmäntoimittajan tuen kautta.
Kirjastojärjestelmän palvelinympäristön toimittajana on ollut Voyager-järjestelmän käyttöaikana molemmilla konsortioilla valtion omistama, opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnoima CSC - Tieteen tietotekniikan keskus Oy. Kansalliskirjasto edustaa Linnea2-konsortiota neljästi vuodessa CSC:n ja AMKIT-konsortion kanssa käytävissä laatupalavereissa, joissa seurataan CSC:ltä saatavaa palvelua. CSC suorittaa myös Voyager-järjestelmän päivitykset ja kehittää palvelinympäristöä
Kirjastojärjestelmäpalveluun kuuluu myös kirjastojen tukeminen järjestelmän käytössä. Järjestelmän käyttöä kehitetään osana kirjastojen palvelukokonaisuutta. Työtä tehdään kirjastojärjestelmäkonsortioiden ohjauksessa ja kirjastojen asiantuntijoista muodostettujen työryhmien tukemana.
